Con Sentenza n. 159/1 del 12 settembre 2024 la Corte di Giustizia Tributaria di secondo grado del Molise ha affermato che la clausola penale inserita in un contrato di locazione è soggetta alla stessa imposta di registro del contratto cui accede. 
La sua funzione, infatti, è inscindibilmente connessa alla causa giuridica del negozio principale, rendendone indissolubile l’unione ai fini tributari ex art. 21, comma 2, D.P.R. n. 131/1986. 

Nel caso esaminato, la Corte ha respinto l'appello presentato dall'Agenzia delle Entrate, confermando la decisione impugnata.
Nel caso di specie l'Agenzia Entrate sosteneva la natura autonoma della clausola penale tenuto conto della sua struttura e funzione, correlata al verificarsi di un evento futuro ed esterno al contratto, ovvero l'inadempimento o inesatto adempimento contrattuale.